清水巖位於康定路與長沙路街交叉口，主祀「清水祖師」，故有人稱它為「清水」巖或「清水」岩，也有人稱它為「祖師」廟。緊鄰祖師廟廟口前的長沙街於清朝時就稱為「師祖廟前街」。建於1787年（乾隆五十二年），是艋舺的泉州安溪籍移民從原鄉福建省泉州府安溪縣的清水巖分靈而來，安溪縣清水巖不但是閩南的佛教勝地，也是台灣、東南亞信奉清水祖師的發源地。1817年（嘉慶二十二年）重修。1853年（咸豐三年）時，艋舺人與大稻埕人發生大械鬥（即頂下郊拼），祖師廟也遭波及被焚燬，到了1867年（同治六年）時才又重建。1896年（明治二十九年）時，本巖曾經充做為國語學校附屬學校。1922年（大正十一年），本巖也曾充當學校，設立「台北州立二中」，擔負起地方教育的角色。戰後廟貌破損，1958年信徒募捐整建，才恢復舊觀。
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清水祖師，台灣民間習慣稱祂祖師公、烏（黑）面祖師、蓬萊祖師、落鼻祖師，也有人稱祂麻章上人或昭應大師、昭應祖師。清水祖師為北宋仁宗時人（慶曆四年，1044年），生於福建永春縣小姑鄉，俗名的記載有三種，陳昭、陳應、陳昭應，「昭應大師」或「昭應祖師」就是由他的俗名得來。他自幼習佛悟道，在蓬萊山的山巖?構築一小精舍修行，由於巖洞內之水清澈冷冽，精舍被稱為「清水巖（岩）」，此即「清水祖師」名稱的由來。相傳清水祖師在清水巖的巖洞內修行時，有鬼怪用大火將祖師燻得「面目全黑」，而祖師卻是毫髮未傷，「烏（黑）面祖師」由此而來。而「落鼻祖師」之稱，是因為傳說每當祖師廟附近有災難將要發生時，祖師的鼻子就會自動脫落下來，以警示居民與信眾。
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清水巖的龍、虎二堵牆壁可看到磚雕圖案，是1817年（嘉慶丁丑年、嘉慶二十二年）重修的藝術作品。正門對聯書：「為清水，為蓬萊，此地並分法界；是金身，是鐵面，入門便見真容。」此一對聯為翁瑞玉、翁種玉敬獻，也是1817年重修的藝術作品。由於廟宇的建築、文物，幾乎於1853年（咸豐三年）時的「頂下郊拼」械鬥被燬，1867年重建時僅保留「龍虎二堵磚雕」與正門「對聯」二處嘉慶時代的遺物。拜殿的蟠龍石柱與八角形石柱，即為1868年重建之建物。石柱懸掛有木製對聯，上書「佛是祖師，我先人已稱弟子；巖仍清水，此淡地好潮源流。」。古匾方面，有光緒皇帝御賜「功資拯濟」匾額一面。
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